所以關于轉基因產品的危害性都是出于猜測階段，沒有事實可以證實。而人們對食用轉基因大豆油的擔憂在于是否有些微量混雜在油脂中，進而被人攝入，從而影響人的安全，它的危害可能體現在以下幾個方面：

1、 所轉基因可能會有人類所不知的功能，與植物合成一些對人類健康有害的物質，并隨大豆油進入人體造成影響。

2、 大豆可能會被施以過多的草甘膦除草劑，這些除草劑可能隨大豆油進入人體，影響人體的健康。

3、 影響人類的基因。轉基因大豆中所轉的基因片斷混入人體，從而對人體本身的基因造成影響。

4、 轉基因大豆的EPSPS合成酶比普通的大豆多，而過多的EPSPS合成酶進入人體，可能會影響人類的健康。

食用油主要成分是甘油三脂，而轉基因大豆所轉移的基因的作用就是讓植物產生更多EPSPS酶，和植物油脂的成分沒有關系，而且在加工豆油的過程中轉基因成分大部分已經被去掉了，所以不必過分擔心食用轉基金大豆油對人體的危害。