腦干損傷是經常會伴有后遺癥的，但是腦損傷后遺癥一般都是因人而異，所以，在治療上也都是采取專病專治的方法，是根據病情來制定治療方案的。

1、在腦干損傷后遺癥治療期間，患者可以采取針灸的治療方式，再配合中頻電刺激，可以達到很好的效果。

2、進行康復性訓練，鍛煉肢體擺放，進行關節的主動與被動活動，從大關節至小關節，動作逐漸加大。患者還可以采用助力訓練的方式，進行翻身、坐立訓練。

3、對于輕度的腦干損傷后遺癥，可以采用下樓梯的訓練方式。此訓練能夠鍛煉平衡感，還可以活動關節，提升關節的活動度。

4、腦損傷后遺癥患者的飲食要管理好，不可過饑或過飽，避免暴飲暴食，否則會加重腦損傷后遺癥。要攝入足夠的營養，并且營養要全面均衡。

腦干損傷后遺癥的康復訓練必須要進行，根據患者的病情，制定康復訓練計劃，患者要積極的配合家屬和醫生。這對于患者腦干損傷后遺癥，有很好的恢復效果。