卡氏肺囊蟲肺炎的癥狀與細菌性肺炎、病毒性肺炎和真菌性肺炎類似，必須加以鑒別。一般來說，卡氏肺囊蟲肺炎的癥狀有所分類，分為嬰兒型和兒童型兩類。

A.嬰兒型：主要發生在1～6個月小嬰兒，屬間質性漿細胞肺炎，起病緩慢，主要癥狀為吃奶不好、煩躁不安、咳嗽、呼吸增快及發紺，而發熱不顯著。聽診時啰音不多，1～2周內呼吸困難逐漸加重。肺部體征少，與呼吸窘迫癥狀的嚴重程度不成比例，為本病特點之一。病程4～6周，如不治療約25%～50%患兒死亡；

B.兒童型：主要發生于各種原因所致免疫功能低下者，起病急驟，與嬰兒型不同處為幾乎所有病人均有發熱。此外，常見癥狀為呼吸加速、咳嗽、發紺、三凹征、鼻扇及腹瀉。病程發展很快，不治療時多死亡。