單純皰疹屬于皰疹病毒科a病毒亞科，病毒質粒大小約180納米，單純皰疹病毒（HSV）為DNA病毒，呈球形，由核衣殼及病毒包膜組成。依據抗原性不同分為1型和2型。1型主要由口唇病灶獲得，2型可從生殖器病灶分離到，相對來說，2型往往更難治愈。

HSV對外界抵抗力不強，56℃加熱30分鐘，紫外線照射5分鐘或乙醚等脂溶劑均可使之滅活。2型主要通過性接觸傳播，的生殖器皰疹是一種復發率高，難治愈的性傳播疾病之一，它是由單純性II型皰疹病毒引起，這種病毒相當頑固，要治愈，必須把以內的毒素徹底殺死即可不再復發。

HSV-2型主要引起生殖器部位或新生兒感染，但兩型病毒感染部位并無嚴格界限。新生兒可在娩出時通過患有生殖器皰疹母親的產道而受染，病毒亦可由子宮頸上行而感染胎兒。

此外，研究證明復發性單純皰疹患者可有細胞免疫缺陷，一般認為單純皰疹病毒2型與宮頸癌發生有關。