堿性磷酸酶偏低的原因多是身體病理性的原因，發現堿性磷酸酶低的時候，要去醫院就診確定引起堿性磷酸酶低的原因，然后對癥下藥。

1、如果是因為貧血而引起堿性磷酸酶低，那么患者就要及時補血。增加食用含鐵量高的食物， 注意多吃瘦肉、家禽、動物肝及血（鴨血、豬血）、蛋類等富鐵食物。豆制品含鐵量也較多。多吃富含葉酸食物，多吃有助于鐵吸收的水果和蔬菜。

2、如果是因為兒童甲狀腺性能不全引起的堿性磷酸酶偏低，那么家長就要及時帶兒童到醫院配合治療。

3、如果是重癥慢性腎炎引起的堿性磷酸酶偏低，患者一旦確診為慢性腎炎，在開始階段，都應該以休息為主，積極治療，定期觀察病情變化。

4、如果是病毒性感染時其活性在正常范圍或略低引起的堿性磷酸酶偏低。多數病毒性疾病均能自愈，少數嚴重感染者可致死亡。尚缺乏特效治療，仍以全身支持療法和對癥治療為主。用抗生素或磺胺治療無效，一些抗病毒藥物如碘脫氧尿嘧啶核苷、阿糖腺苷、無環鳥苷對皰疹病毒感染等有一定療效。

5、如果是營養不良、呆小癥，維生素C缺乏癥壞血病、乳糜瀉、惡病質，遺傳性低磷酸酶血癥引起的堿性磷酸酶偏低，患者應適當補充營養，積極配合醫生對癥下藥的治療。