一般竇性心律失常不出現臨床癥狀，臨床意義不大，不需治療。竇性心律失常多與竇性心動過緩同時存在。只有明顯竇性心動過緩的竇性心律失常，需用阿托品、異丙腎上腺素、氨茶堿等增加心率的方法治療。對由心臟病或藥物等引起的非呼吸性竇性心律失常者，應針對病因進行處理。

治療應針對病因，無癥狀者可定期隨訪，密切觀察病情。心率緩慢顯著或伴自覺癥狀者可試用阿托品、舒喘靈口服。雙結病變、慢-快綜合征以及有明顯腦血供不足癥狀如：近乎昏厥或昏厥的患者宜安置按需型人工心臟起搏器，房室順序按需起搏器較VVI更符合生理要求。合并快速心律失常的，安裝起搏器后再加用藥物控制快速心律失常發作。有用程控自動掃描復律器治療慢-快綜合征，心動過緩時按VVI起搏，心動過速發作時則由VVI轉為VVT，發放掃描刺激或短陣快速刺激中止心動過速發作。病竇綜合征患者禁用可能減慢心率的藥物。心房顫動或心房撲動發作時，不宜進行電復律。

如果竇性心律失常（特別在高血壓、冠心病或老年人）以竇性心動過緩為主時，要警惕病竇綜合征的可能性，要詳盡觀察，以防疏漏。